abcFISH 实现环状 RNA 空间异质性的多重单分子可视化

理解 RNA 的亚细胞定位对其功能至关重要，但环形 RNA（circRNA）的可视化一直因其与线性对应物的序列重叠而受阻。在此，我们开发了基于扩增子的 circRNA 荧光原位杂交（abcFISH），该方法采用优化的滚环扩增策略，靶向反向剪接连接位点，实现对 circRNA 的稳健、高特异性、单分子成像。abcFISH 能够在细胞和组织中进行定量、多重成像，使我们得以揭示来自单一基因座的多种环化模式，发现与 RNA 结合蛋白组合效应相关的细胞类型特异性 circRNA 表达，绘制 circRNA 在神经元和脑组织中的不同空间分布模式，并展示 circRNA Cdr1as 与长链非编码 RNA Cyrano 的功能性共定位。我们进一步应用 abcFISH 验证治疗性双链 circRNA 适配体，同时可视化 AAV 递送的双链 circRNA 适配体以及由此导致的转导细胞周围星形胶质细胞浸润减少。总之，abcFISH 为解析 circRNA 在体内的定位与功能提供了一个稳健、易用的工具包。

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