秀丽隐杆线虫连接组工具箱：一个开放、可扩展的多模态连接组数据整合与分析框架

线虫 C. elegans 是生物学中研究最充分的模式生物之一。自 White 及其同事首次描述 C. elegans 神经元连接组以来，大量研究绘制并分析了该连接组，并发布了结构化的连接数据集，这些数据集往往合并并补充了先前的版本。这些数据集如今已成为支撑 C. elegans 行为神经基础研究的基础资源。尽管这些数据集具有很高的实用价值，但不同数据集及其注释惯例之间的异质性阻碍了直接比较——连接组之间的差异往往源于覆盖范围或命名法的不同，而非真正的生物学分歧。此外，描述新连接模态的数据集——基于接触的连接组（contactome）、突触外连接（单胺能与神经肽能）以及功能连接——最近也已面世。因此，需要一个统一框架，在保留各数据集来源的同时，为这些多样化的数据集提供标准化访问。在此，我们提出 C. elegans Connectome Toolbox，这是一个用于整合、整理和验证历史与新发表的多模态 C. elegans 连接数据的综合框架。Connectome Toolbox 包含一个可访问的在线资源（https://openworm.org/ConnectomeToolbox）用于交互式数据探索，并配有用于程序化访问的 Python 库。我们通过一系列分析展示了该工具箱的实用性，这些分析说明了如何跨模态探索、可视化和比较连接组数据，包括将解剖连接组与全面的神经递质图谱整合，以及与 C. elegans 神经回路的计算模型进行比较。

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