共享同一孔板的细胞系在 Tahoe-100M 药物筛选中并非独立观测

混合药物筛选将数十个癌细胞系放在同一个孔中一起处理和测序。Tahoe-100M 是其中规模最大的一个，被用于训练和基准测试那些预测未测量细胞系如何对药物作出反应的模型，而它的基准测试、可重复性上限和统计检验，都把同一个孔中的细胞系、以及同一个孔中细胞的两个随机半份，当作对药物效应的独立观测。由于药物是施加到整个孔上的，只有当同一个孔中的各细胞系除了药物可重复的效应之外不共享任何东西时，这样做才是无害的。我们用 13 块板上的未处理对照孔配对、标签经过核对的重复孔，以及两块逐孔彼此重复的板，对此进行了检验。在每一项检验中，同一个孔中的细胞系都共享一个表达成分，而重复孔并不能重现它，即使两个孔占据同一个推断位置时也是如此；在有药物存在时，这一成分无法与板和药物的交互作用区分开，但在未处理孔中可以区分。在标签通过核对、位于不同位置的重复孔中，同一个孔的两个半份所共有的东西里，约有三分之一（35%，95% 区间 22-58%，9 种化合物）不能被重复孔重现。孔效应会夸大那些从某个孔中取用某些东西、又在同一个孔中对其进行评判的结果：两个已发表模型的重训版本以测得的反应作为输入，当输入来自重复孔而不是被预测的孔时，它们的得分会损失约四分之一到三分之一（在对照孔参照下为 22-43%）；同一个孔的两个半份会高估实验的可重复程度；而在同一个孔的各细胞系之间做检验时，比较两个未处理孔会在 13 块板中把 5 块判为显著。许多强反应重复孔的标签，尤其是第 13 块板的标签，未能通过标签核对。对此类数据进行的评估、上限和检验，应把孔作为实验单元。

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