单细胞中表观遗传标记组合的非破坏性3D分析

单细胞测序和空间组学技术的进步加深了我们对多样细胞身份、组成、结构和功能的理解。然而，由于缺乏能够在保持三维基因组组织的同时，对表观遗传标记组合进行高分辨率、位点特异性检测的空间单细胞方法，表观基因组的三维（3D）单细胞组织仍未被充分理解。在此，我们开发了表观遗传邻近杂交反应（Epi-PHR），一种非破坏性的、基于图像的单细胞空间表观遗传分析技术。Epi-PHR 能够在单个细胞内原位检测数百个基因靶点上表观遗传标记的组合，同时保持三维基因组组织。分阶段 Epi-PHR 结合染色质追踪，在单染色质拷贝水平上揭示了表观遗传标记富集与一个印记基因簇的染色质折叠之间出人意料的关联，且这种关联分别对应于来自不同亲本来源的不同等位基因。我们预期 Epi-PHR 将广泛适用于需要单细胞空间表观遗传信息的研究，推动我们对组合表观遗传密码及其与染色质组织关系的理解。

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