编译、验证和使用人类参考图谱细胞类型注释交叉映射表
Compiling, Validating, and Using Human Reference Atlas Cell Type Annotation Crosswalks
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人类参考图谱v2.5构建并验证10个交叉映射表，汇编成可跨器官与技术比较细胞类型注释的“Supertree”。
人类参考图谱（HRA）v2.5 包含 4,807 个解剖结构、1,347 种细胞类型和 2,215 个生物标志物（基因、蛋白质、脂质）；81 个器官中的 1,392 个解剖结构以三维（3D）方式建模。将新数据映射到 HRA 需要 3D 空间配准和/或细胞类型注释（CTann）。现有的 CTann 工具很多，但很少有工具使用与细胞本体（CL）关联的细胞类型名称，这使得跨工具、组织和器官的比较变得困难。HRA 支持五种转录组学 CTann 工具（Azimuth、CellTypist、popV、FR-Match、Pan-Human Azimuth）、四种单细胞蛋白质组学 CTann 工具（DeepCell Types、DeepCell Types-HuBMAP、基于图像的稳健细胞注释器 [RIBCA] 和空间细胞学习 [STELLAR]），以及一个细胞距离探索器（CDE）空间组学集合，涵盖先前发表的注释，覆盖 12 种组织类型、共 47,349,496 个细胞。所分配的细胞类型在数量、分辨率和覆盖范围上各不相同。本文详细介绍了如何构建、验证并使用 10 个交叉映射表来汇编一个“超树”（Supertree），该超树可用于跨器官和技术比较 CTann，以支持参考图谱的构建和使用。所有数据和代码可在 https://cns-iu.github.io/hra-ctann-supporting-information 获取。
中文由 AI 翻译，仅供参考，以原文为准。
来源：arXiv · Human-Computer Interaction · arxiv.org