从填充到冷冻:重新设计 homeRNA 以实现远程血液转录组学的稳健采样和可扩展下游处理流程
From Fill to Freeze: Redesigning homeRNA to Enable Robust Sampling and Scalable Downstream Processing Workflows for Remote Blood Transcriptomics
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重新设计的 homeRNA 装置可在室温提前至少三个月制备,在 25–40°C 运输条件下产出合格 RNA。
面对面研究可能会给参与带来障碍,包括与研究中心距离较远以及时间安排上的限制。我们实验室开发了 homeRNA 平台以应对这些障碍,实现远程血液采集和 RNA 稳定化,用于转录组研究。为提高 homeRNA 在大规模研究中的适用性,我们开发了重新设计的版本,其修改旨在 1) 改善参与者和下游处理实验室的易用性,2) 支持高通量制造,3) 延长稳定剂管的保质期。在本研究中,我们针对远程研究中可能出现的预期应激(例如运输过程中的高温暴露)对该设计进行了系统性测试,以识别并表征其局限性。我们发现,homeRNA 装置可在采样前至少三个月于室温下制备和储存,保质期分析仍在进行中。我们还发现,在标准运输时长(即运输途中 2 天)和环境至高温条件(即 25-40 {degrees}C)下,homeRNA 平台产生的 RNA 质量足以用于下游转录组分析,并且 RNA 质量不受参与者采集的血液体积变化的影响(血液体积 0.25-1 mL 时平均 RIN=7.8)。最后,我们还发现样品可在典型冷藏温度下储存,甚至可在标准室温下储存至少 4 周(在 -80 至 20 {degrees}C 下储存 4 周后平均 RIN=8.1)。这项工作验证了新的 homeRNA 平台对样品在远程研究中可能经历的许多预期应激具有稳健性。
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来源:bioRxiv · Bioengineering · biorxiv.org