Decoder-FFPE-seq 实现存档组织单细胞分辨率的高灵敏全基因组空间转录组学

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织兼容的空间转录组学（ST）正在改变生物学与组织病理学，但要同时实现高灵敏度、全基因组覆盖、单细胞分辨率和研究者可及性仍具挑战。为应对这些挑战，我们在此提出一种树状DNA坐标条形码设计，用于适配FFPE组织的空间RNA测序（Decoder-FFPE-seq），其将RNA-to-DNA探针转换与印迹辅助条形码化相结合。Decoder-FFPE-seq在全转录组小鼠脑和存档人类样本分析中较现有平台提供单细胞分辨率，灵敏度提升超过2.6倍，可解析低丰度基因的潜在细胞身份、更精细的组织结构，并捕获与上皮-间质转化相关的特征以评估预后价值。借助扩展的探针文库，Decoder-FFPE-seq可捕获长非编码RNA和病毒RNA，揭示其在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中与信使RNA的空间共调控网络。在一个OSCC免疫治疗队列中，分别在化疗免疫治疗前和治疗后样本中鉴定出两个CD8 + T细胞亚群，可能与治疗反应相关。Decoder-FFPE-seq为基础研究和转化研究中对存档组织进行灵敏ST分析建立了一个稳健、高分辨率且易于获取的框架。

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