比较蛋白质组学揭示人神经细胞来源细胞外囊泡的细胞类型特异性异质性

细胞外囊泡（EVs）作为脑部生物标志物和药物递送载体的研究日益增多，然而在基线状态下EV货物在不同神经细胞类型之间有何差异仍定义不清。这一空白既限制了对疾病相关EV变化的解读，也限制了对治疗用途EV来源的合理选择。在此，我们使用基于串联质量标签（TMT）的定量蛋白质组学，在单个多重批次中分析所有样本，对来自人神经元样SH-SY5Y细胞（N-EV）、星形胶质细胞（AS-EV）和HMC3小胶质细胞（MG-EV）的EV进行了并排比较。EV身份由TEM、纳米颗粒跟踪分析和经典MISEV2023标志物所支持。各EV类型之间的大小、zeta电位和每个囊泡的蛋白质含量相当，而N-EV显示出最高的颗粒浓度和蛋白质产量。富集分析和共识聚类显示货物与亲本细胞功能一致：N-EV中的神经元连接性和结构重塑，AS-EV中的细胞外支持和细胞相互作用，以及MG-EV中的免疫监视。交叉比较还揭示了超出这些经典角色的模式，包括N-EV和MG-EV共享的补体相关货物，以及AS-EV和MG-EV共享的染色质相关和表观遗传调控蛋白的胶质EV特征。我们进一步定义了细胞类型特异性特征蛋白；较大集合的相互作用网络与富集结果一致。总体而言，这些数据为解读疾病相关改变、选择治疗用途的EV来源以及生成关于选择性货物分选的假设提供了来自人神经细胞模型的EV蛋白质组基线比较参考。

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