小鼠大脑中跨遗传背景转录差异的空间单细胞图谱

遗传变异可以改变器官的结构和功能。跨遗传背景对器官进行比较统计分析，需要在重复样本中获得空间、单细胞、图谱规模的数据。在此，我们介绍使用聚合特征进行图谱规模转录组定位（ATLAS），这是一种可扩展的组织映射方法，它从单细胞 RNA 测序数据中学习转录特征，用数万个寡核苷酸探针在原位编码这些特征，并对其进行解码以推断细胞类型和插补转录组。我们通过标记基因的直接 MERFISH 测量以及与另外四种技术的定量比较验证了 ATLAS。我们对来自五只雄性和五只雌性 C57BL/6J 小鼠以及五只雄性 BTBR T+tf/J 小鼠（一种特发性自闭症模型）中央脑的 400 多个冠状切片中的 4000 万个细胞进行了分析。我们的分析揭示了细胞类型分布中 40 多个显著差异，并在雄–雌和 B6–BTBR 比较中识别出 16 个区域组成变化。因此，ATLAS 能够实现系统性的比较研究，促进疾病模型的器官层面结构–功能分析。

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